Ok, ho dato uno sguardo un po approfondito al manuale.
Quando avevi collegato l'ai net, la radio la sentivi?
Per il lettore/i phone ecc probabilmente devi controllare di aver abilitato l'ingresso (trovi la descrizione all'interno del manuale).
Qualcosa tipo setup -->aux in --> on.
Se le impostazioni sono (indicativamente queste), e se prima andava il ricevitore FM (via ai net), a me viene il dubbio che si siano staccati i pre all'interno dello chassis

.
Ora, direi di concentrarci un momento sulla radio. Quando funziona quella, poi per l'i-pod rimangono solo le impostazioni da controllare (se ancora non va).
Puoi fare un'ultima prova.
Scollega l'ottico proveniente dalla radio.
Lascia attaccato il rux
Inserisci un cd, seleziona l'ingresso analogico (del pxa) e fai partire il play (metti il volume della sorgente al massimo, e regola il volume dal rux).
Poi, sempre lasciando l'ottico scollegato prova ad attaccare l'AiNet (prima abbassa il volume della radio a 0, del pxa e spegni tutto). In ogni caso tieni collegato il rux: devi lasciare il selettore della radio sempre su NORM.
Se non senti nulla, o se senti solo con l'AiNet collegato farei verificare la radio in garanzia, sulle uscite pre.
Se sentissi solo con l'ainet, sei fortunato: le uscite pre funzionano ed il danno sta nel cavo/connettore che esce dalla radio
A distanza così sono le ultime prove che farei, oltre non saprei cosa fare/dove guardare.
Fossimo più vicini ti avrei montato la mia (provvisoria) che conosco meglio, e verificato la tua a banco.
Ma imho, avrei fatto le stesse prove che ti sto facendo fare...